Sembra che la maggior parte dei sovrani sepolti ad Abydos si sia fatta costruire una tomba anche nella necropoli di Saqqara, nei pressi di Menfi, capitale dello stato unificato. Negli anni '30 del XX° secolo, l'archeologo inglese W.B.Emery scavò infatti in quelle zona alcune tombe, dette "mastabe", dotate di sovrastrutture rettangolari in mattoni crudi riempite di ghiaia e contenenti vani che fungevano da depositi. Inizialmente, Emery credette di aver trovato le sepolture di alti funzionari, poiché allora era opinione diffusa che i sovrani delle prime due dinastie fossero seppelliti solo ad Abydos. In seguito, ipotizzò invece che le vere tombe di quei re fossero proprio quelle di Saqqara.
Le tombe di Saqqara sono più grandi di quelle di Abydos. Spesso sono sviluppate su due piani, uno sotterraneo, l'altro al livello del suolo. Quest'ultimo poteva essere alto fino a 2,5 metri ed era provvisto all'esterno di una "facciata di palazzo" decorata a pannelli. All'interno vi erano camere che contenevano vari oggetti del corredo funerario. Al centro si trovava un pozzo rettangolare che conduceva alla camera funeraria vera e propria, costruita in maniera simile a quelle che si trovano nelle tombe di Abydos.
La "doppia sepoltura" potrebbe esprimere l'intenzione di sottolineare la dualità originaria del paese. Facendosi appropriatamente seppellire nella necropoli di Menfi, i sovrani avrebbero esaltato l'importante ruolo politico; il cenotafio di Abydos avrebbe invece voluto ricordare il vero luogo di origine del potere regale in Egitto.
Il significato della cosiddetta "doppia sepoltura" è tutt'altro che risolto. Mancando ogni prova definitiva sull'attribuzione delle tombe scavate da Emery, alcuni studiosi ritengono che quelle di Saqqara fossero in realtà destinate ad alti funzionari residenti a Menfi. Tuttavia, le tombe di Saqqara sono molto più grandi di quelle di Abydos ed è improbabile, anche se non impossibile, che dei monumenti funerari di subordinati potessero superare quelli dei faraoni. Altri studiosi ritengono invece che sia Saqqara che Abydos ospitassero monumenti regali, ma mentre a Saqqara si trovava la vera tomba del sovrano, ad Abydos, vi era soltanto un cenotafio in onore del re defunto.
Tirando quindi le somme delle varie ipotesi, possiamo solo giungere alla conclusione che finché qualcosa di nuovo non getterà ulteriore luce su tale tematica, ognuna delle teorie qui riportate restano mere possibilità.